Audit Mutu Internal (AMI) yang dilakukan di UNIKI merupakan salah satu cara evaluasi yang dilakukan untuk memperoleh informasi terkait dengan peningkatan mutu pendidikan tinggi. AMI perlu dilakukan secara sistematis dan terstruktur sesuai dengan amanat UU Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi. Dalam UU Nomor 12 Tahun 2012 BAB III tentang Penjaminan Mutu, dinyatakan bahwa manajemen SPMI meliputi Penetapan standar (P), Pelaksanaan standar (P), Evaluasi pelaksanaan standar (E), Pengendalian pelaksanaan standar (P), dan Peningkatan standar pendidikan tinggi (P). Lima tahapan dalam manajemen SPMI dikenal dengan siklus PPEPP. Lebih lanjut, mengacu pada Permenristekdikti Nomor 62 Tahun 2016 Pasal 5, dinyatakan bahwa evaluasi sebagaimana dimaksud dalam siklus PPEPP tersebut dilakukan melalui AMI.
Pedoman AMI ini memberikan gambaran tentang tatacara pelaksanaan AMI yang nantinya diharapkan dapat dijalankan dalam melaksanakan audit sesuai dengan kondisi serta perkembangan dari Universitas. Secara keseluruhan isi dari pedoman ini berbicara tentang sistem manajemen audit, termasuk prinsip-prinsip audit, mengelola program audit dan melakukan audit sistem manajemen, serta panduan tentang kompetensi individu yang terlibat dalam proses audit. Dokumen ini juga memuat petunjuk terkait aspek-aspek yang menjadi prioritas audit di lingkungan UNIKI beserta panduan lapangannya. Pada dasarnya AMI yang dilakukan oleh Tim BPM menekankan pada prinsip akuntabilitas, objektivitas, dan independensi. Akuntabilitas bermakna bahwa kegiatan audit yang dilakukan harus dapat dipertanggung jawabkan, baik secara hukum maupun moral.
Sementara, kata objektivitas dan independensi sering digunakan bersamaan, yang memiliki makna sikap jujur, tidak dipengaruhi pendapat dan pertimbangan pribadi atau golongan dalam mengambil keputusan atau tindakan. Auditor dalam bekerja harus tidak memihak dan menghindari pertentangan kepentingan, saat membuat keputusan auditor harus bebas dari segala macam intervensi.